中医院是一家以科研、教学、医疗、保健、康复为一体的非营利性综合医院。跟一般的生活污水和工业废水不同，中医医院污水处理起来更为复杂、艰难，其中原因是它具有水质复杂、排水量不大，但污染力很强。中医医院污水主要是含有大量的病原体病菌、病毒和寄生虫卵、消毒剂等多种化学物质。如不经过污水处理，直接排入城市下水道，会造成水、土壤的污染，严重的会引发各种疾病。
中医医院污水处理方法可以分为一级强化处理和二级处理。中医医院污水一级强化处理经化粪池进入调节池，调节池前部设置自动格栅，内设提升水泵，污水经提升后进入混凝沉淀池进行混凝沉淀，沉淀池出水进入接触池进行消毒，接触池出水达到标准排放。二级处理中医医院污水通过化粪池进入调节池，调节池前部设置自动格栅，调节池内设提升水泵，污水经提升后进入好氧池进行生物处理，好氧池出水进入接触池消毒，出水达标排放。
消毒是中医医院污水处理的重要工艺过程，其目的是杀灭污水中的致病菌。目前中医医院污水消毒常用的工艺有有氯消毒（如氯气、二氧化氯、次氯酸钠等）、氧化剂消毒（如臭氧、过氧乙酸）、辐射消毒（如紫外线、γ射线）。从杀菌和杀灭病毒的效果来看，二氧化氯消毒、臭氧消毒和紫外线消毒的效果较好，但臭氧消毒的运行成本高，紫外线消毒的电耗大，并且消毒效果受处理水的水质制约。综合考虑消毒效果和运行管理等因素，中医医院消毒工艺采用二氧化氯消毒是经济可行的。
二氧化氯需使用时就地制备，不储存，用于传染病区化粪池污水及中医医院污水处理站废水的消毒及灭菌。其对污水消毒具有广泛的杀菌能力，不受浊度及PH值的影响，对细菌胞壁穿透能力强，能在短时间内彻底杀灭细菌，有持续的杀菌作用，保持一定的余氯量，杀菌效果可达99.99%以上。
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